SMK Pelayaran Samudera Cilacap secara formal berdiri dengan SK Bupati No. 521.5/106/07/04, yang didirikan oleh orang-orang yang menguasai ilmu dibidangnya yang meliputi kalangan TNI AL, Perwira pelaut yang berpengalaman, dan Praktisi Pendidikan. Secara geografis letak dari SMK Pelayaran Samudera sangat strategis untuk melaksanakan Diklat Kepelautan karena berada di daerah dekat laut dan Pelabuhan-pelabuhan, diantaranya Pelabuhan Tanjung Intan Cilacap serta Pelabuhan Perikanan Nusantara Cilacap.
Alamat :
- Tahun 2004 sampai dengan 2009 SMK Pelayaran beralamat di Jl. Abiyasa No.36 Kel. Kebonmanis, Kec. Cilacap Utara, Kab. Cilacap.
- Tahun 2009 s.d sekarang sudah menempati gedung sendiri dengan alamat Jl. Soekarno-Hatta No.84 RT.04/03 Karangkandri, Kec. Kesugihan, Kab. Cilacap.
SMK Pelayaran Samudera Cilacap Saat ini telah terakreditasi B (Baik)
- B, Yang Dikeluarkan Badan Akreditasi Nasional Sekolah / Madrasah Nomor : Mk. 004044 , Tanggal 09 November 2010.
- Akreditasi B Yang Dikeluarkan Pusat Pendidikan dan Pelatihan Perhubungan Laut, Nomor : DL.102/B.005/PDL-2010 Tanggal 12 Januari 2010.
Adapun latar belakang didirikannya sekolah ini adalah dengan mengingat bahwa kebutuhan pelaut (yang bersijazah ANT-IV dan ATT-IV) dewasa ini masih sangat banyak, bahkan tidak seimbang antara permintaan dari dunia industri dengan lulusan SMK-SMK Pelayaran yang ada (sumber KPI 2003). Selain itu sekolah ini didirikan untuk membantu program pemerintah dalam mengurangi pengangguran melalui penyediaan tenaga kerja pelayaran yang dibekali dengan kompetensi-kompetensi yang dibutuhkan sehingga mampu bersaing di bursa kerja pelayaran nasional maupun internasional sebagaimana diminta oleh IMO (International Maritime Organization) pada Konvensi Standard of Training Certification and Watchkeeping for seafers (STCW) 1978 amandemen 1995.